第二次世界大战期间，麻省理工学院对军事科学的参与激增。1941年，万尼瓦尔·布什(Vannevar Bush)被任命为联邦科学研究与发展办公室主任，并只向包括麻省理工学院在内的一组选定的大学提供资金。来自全国各地的工程师和科学家聚集在麻省理工学院的辐射实验室，该实验室成立于1940年，旨在协助英国军方正在开发微波雷达。在那里所做的工作对该地区的战争和随后的研究产生了重大影响。其他国防项目包括查尔斯·斯塔克·德雷珀仪器实验室下的基于陀螺仪和其他复杂的瞄准具、炸弹瞄准器和惯性导航的控制系统；开发数字计算机 战争结束时，麻省理工学院成为美国最大的战时研发承包商（引起了布什的一些批评），仅辐射实验室就雇佣了近4000名员工1946年之前收到的资金超过1亿美元（按2015年美元计算为12亿美元）。即使在那之后，国防项目的工作仍在继续。战后政府在麻省理工学院资助的研究包括弹道导弹的SAGE和制导系统以及阿波罗计划。
这些活动对麻省理工学院产生了深远的影响。 1949 年的一份报告指出，“研究所的生活节奏并没有出现任何与和平时期相匹配的大幅放缓”，并回忆起“战前学术的平静”，尽管承认军事研究对日益重视的重大贡献 1930 年至 1948 年间，卡尔·泰勒·康普顿 (Karl Taylor Compton) 担任麻省理工学院校长，师资力量增加了一倍，研究生人数增加了五倍。 詹姆斯·莱恩·基利安 (James Rhyne Killian)，1948 年至 1957 年任总统； 朱利叶斯·亚当斯·斯特拉顿 (Julius Adams Stratton)，1952 年至 1957 年担任校长，他的机构建设战略塑造了这所不断扩张的大学。 到了 20 世纪 50 年代，麻省理工学院不再仅仅让其已经合作了三十年的行业受益，它还与新的赞助人、慈善基金会和联邦政府建立了更密切的工作关系。
1960年代末和1970年代初，学生和教师活动人士抗议越南战争和麻省理工学院的国防研究。这一时期，麻省理工学院的各个部门正在研究越南战争的直升机、智能炸弹和平叛技术以及核导弹的制导系统。忧思科学家联盟于1969年3月4日在一次教职员工和学生会议上成立，会议旨在将军事研究的重点转向环境和社会问题。麻省理工学院最终脱离了仪器实验室，并将所有机密研究移至校外，1973年，为了回应抗议活动，他前往麻省理工学院林肯实验室设施。在许多其他大学的动荡时期，学生团体、教师和行政部门仍然相对没有两极分化。人们认为约翰逊在领导他的机构“更伟大”方面取得了巨大成功。然而，六名麻省理工学院的学生此时被判入狱，一些前学生领袖，如迈克尔·阿尔伯特和乔治·卡西亚菲卡斯，仍然对麻省理工学院在军事研究中的作用及其对军事研究的压制感到愤慨。（理查德·利科克的电影《十一月行动》记录了其中一些骚乱事件。）
20世纪80年代，麻省理工学院因其参与SDI（太空武器）和CBW（化学和生物战）研究而引起更多争议。最近，麻省理工学院的军事研究包括机器人、无人机和“战斗服”方面的研究。
https://en.wikipedia.org/wiki/Massachusetts_Institute_of_Technology
https://ras.mit.edu/grant-and-contract-administration/sponsor-information/department-defense
https://www.ll.mit.edu/r-d/air-missile-and-maritime-defense-technology